應昌期晚年，適逢兩岸開放。出生於浙江寧波的他也逐漸將事業重心移往大陸，成為台商的第一代。雖然對圍棋的熱情不減，但已不再鍾情於台灣。

基金會的三大賽----名人（新生報）、棋王（民生報）、國手（自立晚報）如今也只剩下名人賽而已，主辦報社也已全由市場退出。基金會不再有積極的作為，此時台灣棋院的成立，適時的注入一股活水，為乾涸的職業圍棋重現生機。原本基金會的職業棋士菁英都投效台灣棋院，讓台灣棋院在2000年甫一成立，就取代基金會成為圍棋界的龍頭，台灣棋院的理事長翁明顯為台灣棋界作出了可觀的貢獻。      

此時台灣圍棋界，在職業部分是一大（台灣棋院）一小（應氏基金會），在業餘部分是一強（棋協）一弱（中國圍棋會），戰國時代的格局確立。就圍棋的組織而言，也不再侷限於棋會、棋協，全台各地的熱心人士，紛紛成立各種名目的協會，有侷限於某一縣市的地方性組織，也有貫穿南北的全國性組織。由好的地方看，圍棋界百花齊放，蓬勃發展，似乎呈現了一片榮景。但仔細觀察，圍棋界事權無法統一，各地山頭林立，徒然將力量分散，也讓榮景無法持續。最具關鍵性的影響就是職業與業餘成了雙頭馬車，彼此互不隸屬，各行其是。原本台灣圍棋界職業與業餘不分的模糊現象，看似得到改善，但新出現的問題則更加嚴重。

   先從職業談起，目前居於龍頭地位的台灣棋院，有一套培養棋士的院生制度。而應氏基金會的職業棋士目前以轉由圍棋會管理，則無院生制度，仍採職業與業餘的混合賽制。台灣棋院的比賽不允許院外棋士參加，棋會的比賽則是混合制。如遇國際比賽，到底由何方代表台灣參加，又衍生出許多枝節問題。甚至職業棋士的資格認定也各說各話，難有統一的標準。

近年海峰基金會在董事長林文伯的熱情支持下，積極介入圍棋界的事務。海峰基金會採取中立的立場，舉辦職業大賽，兼容並蓄，台灣棋院與中國圍棋會的棋士均有資格參加，頗有調和之功。

但海峰基金會的定位未明，作為一中立單位，固然無可非議。如欲領導棋界，恐怕師出無名。

   業餘棋界目前棋協已有萬流歸宗的盟主架勢，而棋會組織尚在，各地的圍棋組織如群山環繞，棋協之號令未能及於天下，只能彼此妥協而已。最簡單的例子就是各地方棋會舉辦比賽，事前完全不必報備，事後名單棋協只能照收，從未有資格不符退回之案例。棋協主辦支各種教師、裁判講習，報名即通過，已是圍棋界眾人皆知之事。與地方棋會的過份妥協，造成證照浮濫，段位水準大幅下降的不合理現象，短期之內，已無法有效改善。